Путем жесточайшего отбора лучших экземпляров в приплоде с последующим крестом братика на сестренку, и дочки с папой. Снова смотрим, выбираем лучшее. Если в первом поколении вообще ничего путного не получается, ищем нужных самок у разводчиков. Дорого но верно, и генетику не придется учить, пойдет штамповка на износ.

На этом сайте есть статья, в общих чертах, без конкретики. Она о гуппи, но все равно подойдет http://aquaria.ru/node/3478
Конкретно меченосцев разводит THERA130, знает особенности генетики наследования у меченосцев.

Чистая линия

Вообще-то, СОЗДАНИЕ, чистой линии и ПРОВЕРКА уже имеющейся линии на чистоту, совершенно не одно и тоже...
В случае СОЗДАНИЯ чистой линии, до этого «проверочного 4-го поколения», вам потребуется ещё не менее поколений 25 кропотливого труда по отдельному содержанию, выращиванию, учёту, анализу и последующему отбору кучи рыб...
Чистая линия, #142150
и, рекомендую внимательно прочесть замечательный материал Евгения Цигельницкого, ссылку на который привёл Илья Константинович, там, на примере гуппи, описаны основные моменты, на которые нужно обратить внимание.
Ещё обязательно прочтите этот комментарий

Если у Ваших меченосцев только хвосты черные , то это гетерозигота , и врядли что-либо получится . Сначала надо знать к чему идти. Понятие красный чернохвостый у каждого свое. Для этого в цивилизованных странах , где проходят выставки и конкурсы живородок , давно разработаны стандарты , на которые ориентируются разводчики. Итак вы написали красный чернохвостый .Красный бывает разный - морковка/гетерозигота/ и красный "как у рубина" . Затем стандарт предусматривает черные /около десятка/ и цветные рисунки . Черные рисунки в гомозиготе - определенный размер и место на корпусе рыбы , например Вэгтэйл , Токседо ,Смокинг , Луна , Комета , Микки-маус и т.д. , т.е. в пометах породной рыбы черный рисунок , правильной формы , присутствует на 100 % мальков . К цветным рисункам например относится зонарный красный у меченосцев АДА , или пецилий кровавое сердце. Вернемся к Вашим мечам. Итак на ярко-красном фоне , без продольных полосок , все плавники от основания и кончики губ густого-черного цвета - это гомозигота породы - с правильным названием вэгтэйл . Вэгтэйл это черный рисунок , который может быть у породных мечей с разной фоновой. На первом фото у одного меча черный "не полный" и по красному на теле видны горизонтальные красные полосы. На втором фото красный и рисунок вэгтэйл у трех мечей в гомозиготе.

Второе фото . Красный и черный рисунок в гомозиготе . Все плавники и кончики губ черного-бархатного цвета. От такой рыбы в помете процент проброса малозначительный.