есть очень большой шанс, что там все сдохнет и после его включения сдохнет весь аквариум.

непонятно, в чем задача, но есть такой прием: если нужно сохранить разогнанный внешний фильтр отдельно от аквариума, то его надо переставить на обслуживание другой емкости, например, ведра с аквариумной водой, в которую желательно бросить распылитель воздуха...

слить с него воду, открыть и закрыть как-нибудь неплотно, чтоб дышал, но не высох, наполнители должны оставаться влажными и контачить со свежим воздухом.
но если потом его надо подключать к плотно зарыбленому аквариуму, то лучше сделать это параллельно со старыми фильтрами, чтоб перестраховаться пока этот выйдет на полную мощность.