А нельзя этот выход помпы под водой с аэрацией заткнуть чем-нибудь нафиг?

Если выходов два из одной помпы - оставь только тот, который во флейту. А то, который мимо неё - перекрой.
Помпа-то одна?

Совершенно смело можно!

А смысл? Помпа всё равно будет дуть в аквариум, создавая сильное течение. Его надо убирать, соответственно, надо перекрыть этот выход воды.

Наверх, в фильтр, а там флейта на выходе. Если поток всё же будет слишком сильным, то на заборный патрубок можно одеть плотную губку, чтобы снизить напор воды. Ну или какой-нибудь краник приделать.

Я так понимаю что аквариум Джебо 338?
Не понял,а в чем вообще проблема?..
В нем фильтр можно вообще отключить. Тем более для петухов.