Может не стоило жарить углекислым газом, пока растений нет?
Удобрений не добавляли?

Вот здесь подробно и наглядно, после первого сообщения переходите на 3 страницу.
Механическая очистка воды от цветения
Убрать подачу СО2, свет можно уполовинить.

СО₂ в свежий аквариум -- это гарантированная нитчатка, а при должном "усердии" с подачей углекислоты не полностью прижившимся растениям - ещё и "цветение" до кучи!

Кстати, интересно, что если сделать "сухой запуск" на амазонии?
По логике, вроде должно нормально прокатить

Думаю, что до утра можно оставить конструкцию работать, а самому ложиться спать.
У Михневича, автора метода, была и помпа в разу производительней, и объём аквариума меньше почти вдвое. Поэтому процедура заняла около часа.
Потом на пару недель после очистки оставьте один светильник, вторую лампу пока не включайте. Никакого со2 и удобрений ближайший месяц.