Так и должно было быть. Но, со временем - шланги все равно будут "подзарастать". Для ухода за ними даже продают всяческие бесценные "ершики-щеточки". 
Налет в шлангах желательно время от времени изничтожать - это элементарно даже без ершика - снятый шланг в ванне проливаем горячей водой, а потом - холодной, под напором.
Так как эта дрянь ухудшает производительность фильтра, а с выпускного - после остановки-запуска - еще и летит в аквариум. Если есть флейта - периодически (хотя бы в год раз-два) стоит промыть и ее, так как она тоже "засопливливается" вплоть до потери функции части отверстий.
Если в шлангах бурый или зеленый налет - уберите их с яркого света (там прут водоросли, они быстро прут, клочьями).
Идея "разводить в шлангах полезных бактеров" - ИМХО, не просто бред - а МЕГАбред. В шлангах должна течь вода. И желательно - чтобы там ей ничего не мешало.
Аквариум с фильтром, как "нечто для разведения ценных бактерий" - не надо заводить.
Неэффективно.
Аквариум заводят ради аквариума, а бактерии - как-нибудь сами "приложатся", незачем на них как-то отдельно акцентироваться (уверяю - "их там будет", по-любому, с шлангами - или без).
Если именно бактерии являются важнейшим элементом процесса и высокой самостоятельной ценностью - целесообразно поставить вместо аквариума - корыто с дерьмом.
Это, конечно, неэстетично (и пахнет - фу-фу-фу!), но - зато дешево, максимально полезно для микрофлоры - бактеров там - на порядки больше и жизнь там у них - куда веселее и насыщеннее.
