Была подобная история с трубочником в аквариуме (17л) на земле. Живёт, плодится, какает поверх гальки. Образовался такой приличный слой земли поверх грунта, корни растений стали наружу вылазить. Решил избавиться от трубача.

Отсадил рыб. Пытался посифонить - корни не дают. Купил в магазине 4-х золотистых коридорасов в этот аквариум, поставил фильтр - рюкзак. Неделю промывал фильтр каждый день, потом убрал, оставив лишь крошечный внутренник. Корни накручивал на пинцет как спагетти на вилку.

Где-то месяц спустя (сейчас) сверху галька, снизу земля (а не наоборот), корни не торчат, трубочника не видно (возможно затаился), внутренник промывают через день, сомиков пока не отсадил.