Морской аквариум на Чистых Прудах - но там морская тематика.

Птичка, Чистопрудный и АкваЛого - три основных места. Дальше - разводни и карантинные базы, но это по знакомству/договореннности. Больше всего лит-ры. конечно, на Птичке. В зоомагах типа сети Динозаврик, Зоосервис и др.продаются современные книжки, в крупных книжных тоже можно найти/купить (на Новом Арбате, например), но, наверное, лучше заказывать через Инет-магазины aqua-shop, vitawater, ozon и др.
В зоомагах искать редкую харацинку обычно не приходится - продают в основном популярные простые виды: гурами, золотушки, гуппи и т.п.

Есть, кстати, сайт "зоомагазины Москвы" - поисковик выдает.

+1.
Собственно, не основные, а - практически единственные
Причем, на предмет интересно посмотреть - это АкваЛого и МА на Чистых прудах. Других нормально оборудованных выставочных залов с аквариумами в Москве попросту нет... Были, но увы. Рынок/кризис/лужковщина сожрали всех.
Что касается литературы - то Птичий рынок, ряд 6, место 20, Мусин Владимир. Отличный книготорговец с великолепным ассортиментом аквариумной литературы.

Только в выходные бывает?

В Зоопарке был отдел Аквариум...

Да, только в выходные...
Это тот самый "Володя-Книжник", который специализируется на книгах и журналах еще со старой Птички, и которого ты знаешь. Он всегда в курсе всех новинок аквариумной и рыболовной литературы, журналов, и т.д., а кроме того может достать почти любую редкую аквариумную книгу на заказ. Вообще, человек очень грамотно ведет свой бизнес, и глубоко разбирается в том товаре, которым торгует (что редко и похвально).
Правда, я не знаю что происходит в связи с "лужковско-китайским нашествием", не перебазировался ли он куда...

Именно что был.
В зоопарке есть Экзотариум с несколькими морскими аквариумами в плачевно-жалком состоянии, и есть осколки и остатки старой аквариумной коллекции, доживающие свой век в запустении на задворках бывшего Аквариума на Новинском бульваре, под руководством Кочетова-младшего. Ни то ни другое посещения и осмотра не достойно.