про последовательость: это зависит от направления тока воды, в начале вода проходит через самый крупнопористый материал (в вашем случае это пластиковые шары), затем более мелкий (керамика), затем губки и самый последний синтепон который вообще используют как механическую очистку (и беспощадно меняют при засорении).
бактериям вообще всё равно на чём селиться, но у меня есть некоторое Бредубеждение против пластика.

Когда ставил внешник, из комплекта оставил только губку и керамических колечек немного. Как раз на одну корзину. У моего фильтра остальные наполнители типа пушистого синтепона были. Заполнил поролоном. Керамические колечки стояли на входе.
На сколько полезны "ёжики", не знаю.
П.С. Имей совесть, название фильтра напиши.

я в канистрах держу только кольца, во всех кассетах.

Смотря для каких целей вы используете внешник ? Если у вас в аквасе стоит еще и внутренний фильтр, каторый осуществляет механическую очистку , то губки и сентепон можно выкинуть, и забить канистру шарами и керамикой и т.д , для биофильтрации,( у меня мраморная и коралловая крошка).Если вы поставили внешник для мех.очистки ,то синтепон оставляйте.

У меня только малавийские цихлиды, растений нет, так что мрамор в самый раз. Для 600л фан-3 маловато,он едва тянет 150л , то что написано в паспорте не соответствует действительности, я имею в виду производительность.