Смешная ситуация: чистила сегодня внешник, внимательно смотрела на дно, вдруг и у меня там кто-то живет. Оказалось - не просто живет, а живут целое полчище вишневых тараканов креветок

Если так подумать, то не такие уж и плохие условия внутри фильтра. Течением грязь постоянно прибивает. Потом не только детрит уходит туда, но и остатки корма. Темновато, но зато никто не обижает...

Я думаю, что это чернополоосые.

Это нормальное явление...если не съедают родители и соседи по аквариуму, то часть малька может быть затянута помпой-фильтром или внутренним со стаканом, или наружным...

То есть мальки проникли в фильтр случайно?

Что то вы часто фильтр чистите.