Если есть возможность - дайте фото больной рыбы и более подробное описание пятен - размер, места расположения, количество. Как выглядят плавники, хвост?

А почему нагреватель включатся только на ночь?
При таком освещении растения будут расти очень вряд ли...
Новый аквариум хорошо мыть смесью соды и соли, или просто содой - но это на будущее.
Фильтр, по-моему, можно было не мыть, если это болезнь - то ее нужно лечить, и промывка фильтра тут не поможет.
Грунт: если это "рабочий" грунт из здорового аквариума - то можно не мыть совсем или слегка промыть прохладной водой. Это ускоряет запуск нового аквариума. Если грунт подозрительный - то лучше прокипятить его. Но тогда надо дольше ждать перед посадкой рыбы в новый аквариум.
Что происходит сейчас в аквариуме?

возможно и не сьели, мальки гуппи сразу же после нереста прячутся в укромные места, у меня тоже так было, думал что сьели, а оказалось что прятались под камешками и через неделю они уже плавали вместе со взрослыми

Из растений то, что по-крупнее похоже на анубиас, его лучше периодически помещать в оранжерею. Второе - вероятно, будущий эхинодорус. Попробуй снимать со вспышкой, под углом к стеклу - не будет смазанности, вызванной долгой выдержкой и отражений в стекле.

похоже малькам там негде спрятатса, у меня грунт крупнее
"посадите" водяной салат "не помню латинское название" хорошее плавающие растение у меня мальки гуппи постоянно сидят в корнях

1. Типа того. Подобные растения надо периодически содержать в полу-погруженном состоянии при высокой влажности. Естественная среда их обитания - тропические болота и берега водоемов. В случае постояного выращивания под водой рост замедляется, а со временем может совсем загнуться.

2. Скорее всего зеленые водоросли (на сине-зеленые не похожи). Для рыб не опасны, при правильных условиях сами пропадут.
Советую добавить еще растений на задний план, лучше - мелколистных, чтобы для мальков убежища были. Можно еще роголистник у поверхности пустить - он к тому же роль светофильтра выполнять будет.

По поводу анубиаса, он, конечно, любит иногда жить в полюдариуме и т.д., но это вовсе необязательно, на мой взгляд. У меня он прекрасно уже лет 6 живет только в аквариуме, разросся и замечательно себя чувствует.
Скорее всего, это был ихтик все-таки, только его лучше лечить каким-то из специальных препаратов - они продаются в зоомагазине.
Освещение нужно 10-12 часов в день, больше не нужно, даже если лампы слабые.
Компрессор может понадобиться, если будет много рыбы.
Не очень сильна в распознавании растений, мне кажется, что левое похоже на какой-то молодой эхинодорус, с правым затрудняюсь.