Небольшое количество планарий в грунте есть всегда в любом живом аквариуме, особенно когда он "в возрасте". Просто мы их не видим - в глаза они не бросаются.
А вот если рыб перекармливать - их становится больше, они начинают ползать по стёклам, и их наличие становится заметно. Однако, стОит их вовремя заметить и резко сократить рацион рыбам - и через некоторое время популяция планарий вновь сократится до незаметного глазу уровня.

То есть, не обращать на них внимание, сократить питание черепахе и планарии сократят свое поголовье?

Это похоже на совпадение, но планарии исчезли. Их не видно. В колбе внешнего фильтра на просвет видны их неподвижные тельца, но активных нигде нет