Остап, у меня сложилось мнение, что грунт делает всю погоду в аквариуме, т.е. он фонит всякими отходами, поддерживая постоянство, необходимое водорослям. Конечно, только растения могут делать воду совершенно пустой для водорослей. Валлиснерия, кстати, очень успешное растение для борьбы с ними.
Растения - в большинстве своем - аутотрофы. Органикой не питаются. Потребляют только минеральные вещества. В любом аквариуме со временем накапливается твердая органика, которая находится в основном в грунте и в фильтре. Ее постепенно перерабатывают бактерии-гетеротрофы. Процесс этот очень неспешный, поэтому если твердую органику не удалять (как минимум из фильтра), она будет накапливаться.
В результате работы бактерий-гетеротрофов из твердой органики получается растворенная. Это и есть основная пища для таких водорослей как черная борода и для цианобактерий. Растворенную органику перерабатывают бактерии-минерализаторы, которые в основном не прикрепляются к субстрату, а плавают в толще воды. Поэтому, если поворошить долго не сифоненный грунт в аквариуме без мощного фильтра, получим бактериальную вспышку.
Минерализаторы превращают растворенную органику в аммоний и аммиак, которые потребляют растения, водоросли и бактерии-нитрификаторы, последние прикреплены к субстрату и любят небольшое течение.