в книге кристель кассельман "дизайн аквариума" читал что корни при пересадке растений следует обрезать, мол от них все равно нет толку, они травмированы и могут загнивать, что оставлять нужно лишь пару см для закрепления в субстрате.
может это просто подгнили пврежденные части, не удаленные при посадке? если так то не стоит волноваться.

Ворошить надо не сифоном! Представьте себе, что то вроде вилки, протыкаешь грунт, чуток поворачиваешь туды-сюды, и всё! Переставляешь на несколько см и повторяешь. При этом у меня из грунта иногда выделяются пузырьки.