Речка, изначально спросила про то, что делать если слила очень много воды. Ответ- отстоять и залить обратно до нужного.
Про "вредные" вещества не понял? Если это про нитраты, фосфаты - так они не вредные, они необходимы, все зависит от количества и сколько нужно сливать определяют капельными тестами.
Сифонить грунт или просто ворошить его палочкой для пердотвращения закисания- зависит от того , это " травник" или в основном " рыбный" аквариум. В травнике грунт можно и не сифонить.