Да, аэрация работает круглосуточно, только на ночь отключаем.
Ночью аэрация даже нужнее, чем днём! Днем по крайней мере растения кислород выделяют. А ночью и растения и рыбы вместе кислород поглащают.
Все "заморы" от недостатка кислорода в воде случаются именно ночью, под утро.