Насколько я знаю, замену воды проводят в несколько этапов, частями, никогда не меняя сразу всю. Делается это для вывода отработавшего лекарства из воды.
Можно после окончания лечения почистить воду при помощи активированного угля - положить его в фильтр на несколько дней. Что будет, если не делать ничего - не знаю, не пробовала.