Предвариетельное замечание:
Необходимо вести подробные записи скрщиваний и их результатов, ваших предположений и фактических данных, условий выращивания, оптимально также фотографировать рыб, чтобы можно было, при необходимости, воспользоваться этими данными.

Задача: вывести «Зеленых флаговых» меченосцев

Решение:
I этап.
1. Скрещиваете имеющихся у вас:
P ♀«простой зеленый» × ♂«красный флаговый»
2. ...и получаете от них потомство...
F₁, предположу, что, скорее всего, они будут все «кирпично-красные флаговые» — это вы нам сообщите «по факту события».
3. Сложность здесь одна — нужно будет вырастить всех, желательно в оптимальных условиях, своевременно разделив по полу.

Если моё предположение верно:
II этап.
4. Скрещиваете выращенное потомство
F₂ ♀♀«кирпично-красные флаговые»F₁ × ♂♂«кирпично-красные флаговые»F₁
т.е. скрещиваете максимально возможное количество пар.
5. Сложность здесь — каждая пара даст начало своей линии, поэтому содержать их и их потомства нужно отдельно от других пар и их потомков.
6. ...и получаете от них потомство...
F₃, предположу, что, скорее всего, они разделятся на следующие группы:
«кирпично-красные флаговые» + «простые кирпично-красные» + «зеленые флаговые» + «простые зеленые» + «алые флаговые» + «простые алые» + «лимонные флаговые» + «простые лимонные» — «каких и сколько окажется на самом деле» вы нам сообщите «по факту события».
7. Здесь проще: сначала нужно вырастить всех, до момента определения «кто есть кто» по фенотипу, далее выращивать только нужных и некоторое количество т.н. «линий-анализаторов» или «тест-линий», но с учётом п. 5. В рассматриваем варианте это «простые лимонные». Когда вы нам сообщите фактические данные, можно будет это уточнить «по факту события».

Пояснение: Скрещивая претендентов на племя с рыбоми из «тест-линий», вы сможете отобрать, если это возможно, гомозиготных по тестируемым генам особей, что бы в дальнейшем избежать расщепления.

8. Если мои предположения оказались верны, то вы получили некоторое количество рыб для создания линий ваших «Зеленых флаговых» меченосцев...
III этап.
9а. Тестируете претендентов
F_а ♀♀«зеленые флаговые»F₂ × ♂♂«простые лимонные»F₂
и
F_а ♀♀«простые лимонные»F₂ × ♂♂«зеленые флаговые»F₂
если в помёте расщепеление «как родители», то претенденты — гетерозиготны по тестируемым генам, если в помёте все «зеленые флаговые», то претенденты гомозиготны по тестируемым генам и предпочтительны для дальнейшего использования.
9б. Скрещиваете отобранных претендентов из выращенного потомства
F₃ ♀♀«зеленые флаговые»F₂ × ♂♂«зеленые флаговые»F₂
т.е. скрещиваете максимально возможное количество пар, т.к. см. п. 5 и далее п. 3.
IV этап.
10. Проверка по потомству: смотрите каких потомков производит каждая из самок, на сколько оно многочисленно, одномерно или разномастно, физически развито, соответствует требованиям...
11. Формируете пары, с учётом полученных ранее результатов, ориентируясь, в т.ч. и на ваши записи. Не забываете про п. 5 и 3.

А сейчас вы можете приблизительно подсчитать, сколько аквариумов и каких объёмов вам потребуется для работы над решением этой задачи и какое это может занять время.