Подачей СО₂ в фильтр ты просто свёл на нет его работу как биофильтра. Он теперь просто перемешивает воду и удаляет только взвешенные частицы, которые разлагаясь поступают в аквариум и травят всё живое.

Наверное это скорее всего просто не эффективно подавать на вход внешника, но мне кажется для бактерий не опасно, ведь со2 никоим образом не вытесняет кислород.
Я сам не практиковал подачу на вход (пользуюсь только через реактор или колокол), поэтому только теоретически