Андрей Вадимович! Скорее всего дело именно в перемешивании слоев воды.
Действительно... Есть ли какая-то разница ?
Кроме возможности притока воздуха из вне , если крышка плотно и довольно герметично закрывает аквариум естественно....
На самом деле разница есть и достаточно значительная. Лет 6-7 назад я на "тропике" привел расчеты эффективности компрессора и флейты. Оказалось что компрессор значительно эффективней. И связано это в первую очередь с тем, что поток пузырьков с распылителя поднимаются от самого дна и до самой поверхности. Мало того что этот поток перемешивает слои воды в аквариуме, так суммарная поверхность пузырьков воздуха, через которую происходит диффузия кислорода в воду, в несколько раз выше поверхности воды в аквариуме.
Это первое и самое главное. Во-вторых - горизонтальный поток воздушно-водяной смеси из сопла фильтра (а так же и из флейты) сходит на нет при наличии густых зарослей растений. В моих аквариумах этот поток вообще стремился к нулю и один раз в аквариуме произошел самый пошлый замор. Собственно говоря этот ночной замор и был финальной точкой в использовании в аквариумах различных "фильтроварок" в качестве обеспечения населения кислородом.
(Дорогие малошумные не в счет!) 
